關於勞動合同和違約金的問題探討

事情是這樣：2012年6月在某公司應聘成功後開始實習，實習期三個月。在培訓一個月之後，公司要求我們簽訂勞動合同，合同一式兩份，均未加蓋公司公章。合同規定薪資實習期每月2000，轉正後2500，合同期限爲三年，公司繳納五險一金（實習期也有）。由於第一次工作，沒有做太多的考慮，便籤訂了，合同上沒有約定違約金金額。之後向公司索要我們的.合同，公司不給。

我們在7月底被分配到分公司工作，至今工資還是由總公司（也就是簽訂合同對象）發放。現實習期滿，總公司要求工資全部由分公司發放，而且按照當地工資水平制定。

我們向總公司人事詢問，人事依舊不給合同，而且說十月以後我們需要跟分公司重新簽訂合同，談薪資。

現在我想辭職，但是擔心違約金金額。請問違約金應該怎麼算？與總公司簽訂的合同是否有效？現在應該怎麼辦？

請專業人士或者有經驗的朋友們幫幫忙。謝謝！

對了，我們可以打印每個月的工資單作爲僱傭關係的證明。